de novo解析

PacBioやOxford Nanoporeなど一分子ロングリード技術が実用化され、最近や真菌だけでなく、植物や動物などの高等生物の新規ゲノム配列決定も現実的な費用と時間で達成できるようになりました。また、DNA断片ごとにバーコードを付加してショートリードデータを取得したのち断片ごとにアセンブルする10X Genomics社のライブラリ調整技術等、新技術が多く生み出されています。ゲノムサイズが大きくヘテロ性の高い動植物のゲノムで威力を発揮するのがNRGene社のDeNovoMAGIC™です。DeNovoMAGIC™は、illuminaのショートリードのみを用いて、独自のアルゴリズムによりかつてないほど高精度なde novo解析を行うサービスです。ジーンベイでは、PacBio、10X Genomics社のライブラリー調整技術によるシーケンシング受託サービスだけでなく、de novoアセンブリー解析や遺伝子アノテーションなどデータ解析の受託も提供しています。
データ解析につきましては、お客様自身が取得されたPacBioやOxford Nanoporeのシーケンスデータについても承っております。お困りの方は弊社までご相談ください。

de novo解析概要

 

de novoアセンブリー

PacBio、Oxford Nanoporeなどのロングリードシーケンスのde novoアセンブリー解析を行います。二倍体ゲノムのフェーズドアセンブリーにも対応いたします。標準では複数の方法でアセンブリーを行います。また、Illuminaシーケンサーのデータを組み合わせたハイブリッドアセンブリー解析にも対応しています。
自分で解析を実施したいという方は、解析ソフトウェアと解析手順書が準備された解析サーバーを月単位でお貸しすることも可能です（シーケンスデータ解析クラウドサービス）。

 

アノテーション・可視化

アノテーション・可視化

原核生物

アセンブリーにより得られたコンティグ配列を対象に、遺伝子同定、タンパク機能予測など様々なアノテーションを付与します。

真核生物

カビなどの真核生物の場合は、解析対象菌株の近縁種を調査し、利用出来る情報を検討・収集したうえで、最適なgene finderを用いて遺伝子予測を行います。複数の条件で遺伝子予測を実施し、それぞれについて精度評価を行った後、最適な結果を選定します。予測された遺伝子について翻訳アミノ酸配列を既知タンパク配列との相同性に基づきアノテーションを付与し、解析結果をGenBank形式等で出力し納品します。

カスタムアノテーション

その他、お客様のご要望に応じて、オーソログ解析やドメイン解析など各種アノテーション解析を実施します。

ビューワー・データベース環境

大規模データから効率良くデータマイニングを行うには、データベース化したシステムが不可欠です。
ジーンベイでは、オンライン上で簡単に利用できるゲノムデータベースクラウドGiNeSや、お客様のご要望に応じてカスタマイズ可能な統合ゲノムデータベースGiGSなどのシステムを提供します。
また、遺伝子予測の結果をユーザーが確認・修正可能なキュレーション環境の構築も承ります。