ナノポアシーケンス

ナノポアシーケンス受託サービス

Oxford Nanopore Technologies社が提供するロングリードシーケンサーは、DNA分子やRNA分子がポリマー製の膜に埋め込まれたタンパク質のナノポアを通過する際に起こる電流の変化を計測し、塩基配列を解読します。既存のシーケンサーで使用されていた蛍光色素やDNAポリメラーゼを使用しないことから、装置の小型化に成功するとともに、非常に長い配列が得られることが特徴です。詳しくはOxford Nanopore Technologies社のwebページをご覧ください。
ジーンベイではOxford Nanopore Technologies社のGridION X5システムおよびPromethIONを用いた受託解析サービス(国内ラボ対応)を提供しています。

 

GridION・MinIONと同じセルを最大5セル搭載

・1セルあたりのスループット約5~20Gb

・リード長:断片化の有無により異なる(数kb〜数百kb)

・クオリティ:Q8〜Q16(塩基配列精度85%〜97.5%)

 

 

 

PromethION

・PromethION専用セルを最大48セル搭載

・1セルあたりのスループット約30Gb〜120Gb

・1ugのDNAからライブラリー調整

・リード長:断片化の有無により異なる(数kb〜数百kb)

・クオリティ:Q8〜Q16(85%〜97.5%)

 

 

 

サービス内容

・細菌、真菌、植物、動物等の全ゲノムシーケンス

ナノポアシーケンサーでは長い配列が得られることからde novo assembly解析、構造変異解析、フェージング解析に適しています。
ご依頼の際には使用するフローセルの枚数または取得するデータ量をお選び頂きます。
複数サンプルのマルチプレックスにより、1サンプルあたりの費用を抑えることも可能です。

 

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解析事例:de novo解析
denovo解析_バクテリア
解析事例:構造変異解析

ショートリードを用いた解析ではわかりにくかったInversionやTandem Duplication等の構造変異が検出可能です。

構造変異解析

解析事例:フェージング解析
複数のSNV/Indelのアレルの組み合わせ(ハプロタイプ)をロングリードを用いてフェージングすることができます。

フェージング

その他の解析に関しても承ることが可能ですので、お気軽にお問い合わせください。

 

RNAシーケンス

 ナノポアシーケンサーによるRNA-seqでは完全長のRNA配列が得られることから遺伝子発現量解析に加え、スプライシングバリアント解析、
完全長遺伝子探索、融合遺伝子解析に適しています。また、RNAをcDNAに変換せずに直接シーケンス(direct RNA-seq)することも可能です。

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その他の解析に関しても承ることが可能ですので、お気軽にお問い合わせください。

 

解析の流れ

ナノポア_解析の流れ

 

データ解析でお困りの方

お客様ご自身でMinIONシーケンサーを使用して取得したデータの受託解析や、ご自身でデータ解析するためのデータ解析環境の提供もございますので、お気軽にお問い合わせください。