DeNovoMagic

DeNovoMAGIC™

〜 高等生物の新規ゲノム配列を高精度に決定

NRGene社のDeNovoMAGIC™はIlluminaシーケンサーのリードのみを用いて、独自のアルゴリズムによりかつてないほどの高精度なde novo解析を行うサービスです。これまで難しかった倍数性、ヘテロ性の高いゲノムde novoにも威力を発揮しており、ヘテロ性の高いゲノムにおいてはハプロタイプ(haplotype)を区別したフェーズドアセンブリー(phased assembly)を行うことが可能です。
既に300種を超える高等生物ゲノムの配列を決定しており、その数は今も加速度的に増え続けています。

 

主な新規配列決定ゲノムの統計情報
Parameter Ae. tauschii
(Wheat ancestor)
Bovine Maize Strawberry
(heterozygote
octoploid)
Canola Ryegrass
(heterozygote)
Sweet Potato
(heterozygote
hexaploid)
Fold coverage of
short reads
(PE & MP)
x200 x200 x180 x210 x200 x240 x262
Scaffold assembly
N50 (L50)
11.4Mbp
(106)
38.9Mbp
(22)
35.5Mbp
(18)
3.34Mbp
(131)
8.4Mbp
(37)
3.1Mbp
(420)
2.15Mbp
(314)
Scaffold assembly
N90 (L90)
2.27Mbp
(405)
8Mbp
(74)
11Mbp
(58)
0.92Mbp
(425)
0.54Mbp
(405)
0.29Mbp
(1,934)
0.2Mbp
(1,353)
Total assembly size 4.09Gbp 2.71Gbp 2.13Gbp 1.4Gbp 1.04Gbp 4.53Gbp 2.37Gbp
Unfilled gaps 1.39% 1.77% 1.9% 0.71% 0.94% 1.30% 2.48%

 

 

 

N50の説明

アセンブリ結果のコンティグ長を大きい順に加算し、全体の50%を超える大きさになったコンティグ長をN50として表し、本数をL50として表します。同様にN90は全体の90%を超える大きさになったコンティグ長、L90はその時の本数として表します。

n50_v2

 

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