DeNovoMagic
DeNovoMAGIC™
〜 高等生物の新規ゲノム配列を高精度に決定
NRGene社のDeNovoMAGIC™はIlluminaシーケンサーのリードのみを用いて、独自のアルゴリズムによりかつてないほどの高精度なde novo解析を行うサービスです。これまで難しかった倍数性、ヘテロ性の高いゲノムde novoにも威力を発揮しており、ヘテロ性の高いゲノムにおいてはハプロタイプ(haplotype)を区別したフェーズドアセンブリー(phased assembly)を行うことが可能です。既に300種を超える高等生物ゲノムの配列を決定しており、その数は今も加速度的に増え続けています。
主な新規配列決定ゲノムの統計情報
| Parameter | Ae. tauschii (Wheat ancestor) |
Bovine | Maize | Strawberry (heterozygote octoploid) |
Canola | Ryegrass (heterozygote) |
Sweet Potato (heterozygote hexaploid) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Fold coverage of short reads (PE & MP) |
x200 | x200 | x180 | x210 | x200 | x240 | x262 |
| Scaffold assembly N50 (L50) |
11.4Mbp (106) |
38.9Mbp (22) |
35.5Mbp (18) |
3.34Mbp (131) |
8.4Mbp (37) |
3.1Mbp (420) |
2.15Mbp (314) |
| Scaffold assembly N90 (L90) |
2.27Mbp (405) |
8Mbp (74) |
11Mbp (58) |
0.92Mbp (425) |
0.54Mbp (405) |
0.29Mbp (1,934) |
0.2Mbp (1,353) |
| Total assembly size | 4.09Gbp | 2.71Gbp | 2.13Gbp | 1.4Gbp | 1.04Gbp | 4.53Gbp | 2.37Gbp |
| Unfilled gaps | 1.39% | 1.77% | 1.9% | 0.71% | 0.94% | 1.30% | 2.48% |
N50の説明
アセンブリ結果のコンティグ長を大きい順に加算し、全体の50%を超える大きさになったコンティグ長をN50として表し、本数をL50として表します。同様にN90は全体の90%を超える大きさになったコンティグ長、L90はその時の本数として表します。
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