DArTag：ターゲットSNP
ジェノタイピング解析

DArTag は、任意のSNP/Indelマーカーを標的として、数百～数千マーカーのサイズのジェノタイピングを行うことができるDArT社（Diversity Arrays Technology P/L社）独自の手法です。マーカー探索（WGS、RAD-seq、GRAS-Di、等）で取得した全ゲノムSNPの中から、選抜したご希望のSNPについて、ジェノタイピングを行うことができます。

特長

・QC後1～1.5か月で、ジェノタイピング結果を納品。
・構築したパネルは、新たなマーカーを追加したり、不要なマーカーを削除できる。
・マイクロハプロタイプを検出できる。
・GBSとは異なり、欠損データ率が低く、新しいデータを既存のデータに簡単に追加できる。
・DArTagの取得リード数量は、GBS（数Mreads）のように多くなく、数十kreads以下であるため、下流のバイオインフォマティクス処理（連鎖地図作成、QTL解析、Marker Assisted Selection、ゲノム予測）の計算が軽くなる。

解析の流れ

既存パネルの利用

構築済みのパネルが用意されている生物種については、既存のパネルをご利用頂く事も可能です。詳しくはご相談ください。

データ形式

DArTagでは、2 種類のデータが生成されます。

【優性マーカー】

PCR 増幅の有り無しで表現されるスコアで、SilicoDArTと呼びます。DArTagで取得したシーケンスデータからin silicoで抽出されます。

【共優性マーカー】

SNP抽出情報です。リファレンスホモ：0、ヘテロ：1、変異ホモ：2として表記されます。

解析事例

アルファルファ（Medicago sativa L.）の例

Zhao D, et al. (2023). Genetic Resources 4:55–63.
A public mid-density genotyping platform for alfalfa (Medicago sativa L.).

40個体の全ゲノムシークエンスを行ってSNPを取得した後、フィルタリングで2.8M SNPに絞りました。2.8M SNPをさらに間引いて、ゲノム分布の均一化と遺伝子領域におけるSNPの最大化を図り、10K SNPセットを作成しました。最終的に、10K SNPの中からDArT社のQCに合格した3K SNPを選択して、オリゴDNAを合成しました。

Chr1.1_000194324遺伝子座におけるDArTagシーケンスリード。
DArTagアッセイは、Target SNPを検出して、Reference AlleleとAlternative Alleleを区別できるように設計されています。各配列は、パネルで検出されたマイクロハプロタイプです。追加の変異位置によって、個々のマイクロハプロタイプが区別されます。

DArTagによるジェノタイピング結果。
行はSNPマーカー、列はサンプルを表し、各列のリード数がPCR増幅の有り無しを表します。

DArTagジェノタイピング結果を基に作成した連鎖地図。
最初に、F1集団とBC1集団で個別に遺伝子地図を構築した後、遺伝位置を基にマージして得られた連鎖地図です。DArTagで取得したマーカーは、アルファルファの染色体数と同じく、8つの連鎖群に分かれました。

物理位置と遺伝位置の相関の高い遺伝地図を構築することができ、マッピングされたすべてのマーカーのうち、F1マップで異なる染色体に割り当てられたのはわずか2.55%、BC1マップで異なる染色体に割り当てられたのは0.97%でした。

価格・納期

	価格	納期
パネル構築（初回のみ）	お問合せください	1.5〜2ヶ⽉
ジェノタイピング		QC後、1〜1.5ヶ⽉
Fastq納品（オプション）
DNA抽出（オプション）		お問合せください

サンプル要件