お客様専用のゲノムデータベースシステム
次世代シーケンサーの登場でゲノム配列決定はより身近になってきました。しかし、ゲノム配列決定では膨大なデータを扱う必要があり、データ解析や有用情報の発掘はより難しくなってきています。
増大するゲノム情報を有効に活用するためには、データを効率的に解析、保管し、必要な情報を高速に抽出できるコンピュータシステムが不可欠です。
ジーンベイは、この要求を満たすシステムとして、統合ゲノム解析サーバ GiGSを提供いたします。
GiGSは、膨大なデータを効率よく格納し、高速に必要な情報を取り出し、解析結果をわかり易く表示します。また、お客様のご要望に応じて、画面レイアウトや表示項目をカスタマイズしたり、オプション機能を追加提供したりすることが可能です。
ゲノムビューワー
- 収録生物種とそれらのゲノム情報
（染色体数、コンティグ数、遺伝子数などの統計情報表示） - コンティグや染色体上に遺伝子地図を表示
- 翻訳領域・オペロン構造（原核生物ゲノムの場合）またはエキソン・イントロン構造（真核生物の場合）、tRNA、rRNAを表示
アノテーションビューワー
- Locus情報
- 翻訳領域情報、オペロン構造（またはエキソン・イントロン情報）
- DNA配列、アミノ酸配列
- 相同性解析結果（SwissProtなど）
- EC番号
- 蛋白質モチーフ（Pfam, PRINTS, prositeなど）
- シグナルペプチド、膜貫通部位
比較ゲノム解析機能
- オーソログ解析機能
- シンテニー解析機能
- ドットプロット解析機能
- 差分解析機能
その他のGiGS基本機能
- 検索機能
- キーワード検索
- BLAST検索
- データエクスポート機能（FASTA, CSV形式）
変異解析システム（オプション）
- 変異箇所付近でのread配列のアライメント表示
- アノテーションによる変異の検索（coding SNP, non-coding SNPなど）
- 複数の変異株のリシーケンス解析結果をGiGS上に構築することよにり、さらに強力な解析が可能