GGM

ストレージ型NGS解析システム：GGM

ストレージ型NGS解析システムGGMは、増え続けるNGSデータの管理、閲覧、解析をトータルにサポートするデータストレージシステムです。登録したBAMデータをもとに自由な組み合わせでのプロジェクト作成、バリアントの検出、発現情報解析が可能であり、結果をグラフィカルに検索・閲覧することができます。また、形質情報等のメタデータを登録することで、形質と相関するバリアントや発現変動遺伝子などの探索が容易に行えます。

GGMは、ウェブブラウザでの簡単な操作で利用できます。閲覧者権限を設定したワークスペースを作成することにより、共同研究者との情報共有も可能です。これらの機能を数千サンプル規模のデータに対して実現することで効率的なNGSデータの活用を可能にします。

製品紹介

製品概要

1000サンプル規模で登録可能なサーバー体型システム
様々なシーケンサー、アプリケーションに対応
将来的なデータ増加に備えて拡張可能なストレージ
不要になったデータは外部ハードディスクで保管
ユーザー数制限なし、各ユーザのデスクトップコンピュータから何人でも使用可能
ワークスペースごとに設定可能なユーザアクセス制限によるデータの機密保持
様々な目的に対応した手軽なデータ解析機能

2つのモードで手軽にNGSデータの管理・解析

GGMは、バイオインフォマティクスの高度な技術や知識を持たない研究者・技術者の方でも、直感的でわかり易い操作によりNGSデータの管理や解析が行えます。Management Modeでは、NGSデータの登録やメタデータの編集を行います。また、解析テーマごとにプロジェクトを作成することで、効率の良い解析を可能にします。Study Modeでは様々な解析ツールを利用して、ゲノム変異解析や遺伝子発現解析を行えます。今後も、さらに拡大するNGS解析のアプリケーションに対応するため、様々な機能を追加予定です。

ユーザーとシステムの管理

Administrationモードではユーザー登録やシステムの設定・更新、ワークスペースの管理等を行います。

システム管理の知識がなくてもわかり易い設定画面
ワークスペースごとにユーザーのアクセス制限を設定可能
使用状況の把握がしやすいストレージやユーザーのモニタリングシステム

ご利用のイメージ

ワークスペースを区切ることで、ご利用の目的ごとにデータの保管場所を分けることができます。また、ワークスペースごとにアクセス制限を設けることができ、共通機器として複数のグループから利用する場合にも機密保持が確保できるため、安心してご利用頂けます。

機能紹介

Management Mode

Management ModeではNGSデータの蓄積および管理を行います。

様々なプロジェクトのデータをBAM形式で一元管理
BAMデータから変異情報や発現データを自動生成
ユーザー独自に定義可能なメタデータ
多数の登録データから目的のものを見つけるソート機能
登録したBAMデータを自由な組み合わせでプロジェクト作成
マッピングQCの結果をグラフでわかり易く表示
参照配列ファイルやゲノム領域ファイル（BED）を自由に選択

マッピングQCを個別に表示

シーケンサーから得られたデータに関連した情報を表示することができます。総リード数やマップされたリードの割合などのマッピング情報、ゲノム上のカバー率、ライブラリーの平均塩基長などが確認できます。

シンプルでわかり易いデータ管理画面

登録したBAMデータの情報を一覧で見ることができます。また、関連情報（メタデータ）として、ユーザーが定義した様々な情報を書き込むことで、BAMデータをわかり易く管理、その後の解析におけるグループ分けに利用することができます。

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Study Mode

Study Modeでは登録したBAMデータを元に変異解析や遺伝子発現情報解析を行います。

染色体から塩基レベルまでグラフィカルに表示可能なアライメントビューワー
何十のサンプルでも同時に解析可能
様々な条件を用いて変異の絞り込みが行える解析メニュー
複数条件での複雑な複合検索にも対応
検索条件は保存することでいつでも呼び出し可能
目的領域のシーケンス深度、アリル頻度などをグラフィカルに表示
操作しやすいゲノムマップビューワー
dbSNP、ClinVarなどのパブリックデータベースを統合（ヒトの場合）

シンプルな操作で複雑な変異解析

様々な条件を用いて、目的の塩基変異の探索が行えます。[AND検索、OR検索]などの複合解析も可能なほか、様々なゲノミクス研究で想定される、多数の解析メニューを用いた絞り込みができ、登録したメタデータを用いたサンプルのグループ分けなど、ユーザーの思いのまま解析が可能です。

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絞り込んだ変異候補を一覧表示

解析の結果をリストとして表示でき、変異ごとのアリル頻度や遺伝子型をグラフィカルにわかり易く表示。また、各種パブリックデータベースとの統合により、変異ごとの詳細情報をすぐに確認できます。

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各サンプルごとに目的変異の詳細を表示

目的の変異がサンプルごとにどのようになっているのかを、わかり易く一覧で表示できます。各サンプルにおけるアリル頻度や、シーケンスの深度などを一目で確認できるほか、変異がある遺伝子の情報やアミノ酸の変化なども表示可能です。

マップビューワーにより近隣領域の変異を表示

詳細なゲノムマップ上に変異を表示し、近隣領域の情報を比較することができます。また、マップ上にシーケンス深度やパブリックデータベースのSNP情報なども表示することができ、遺伝子上のSNP情報を簡単に把握することができます。