メタ16S 解析

環境サンプル中に存在する
細菌16S rDNAを網羅的に解析

環境サンプル中のDNAから細菌16S rDNA領域を共通に増やすことができるユニバーサルプライマーを用いて増幅し（16S PCR反応）、次世代シーケンサーを用いて配列決定します。16S PCR反応に用いるプライマーセットはさまざま利用できるため、解析対象の細菌叢と使用するシーケンサーのリード長に適したものを選択するのが一般的です。

シーケンシング

DNAサンプルを提供いただきます。16S PCR増幅後のDNAサンプルを提出する事も可能です（事前にご相談ください）。
DNA抽出から承ることも可能です。
ショートリードシーケンサーでも長いリードが選択可能な MiSeq / NextSeq / NovaSeq6000 が適しています。16S rDNAの全長を増幅し、NanoporeやPacBioのロングリードシーケンサーを使用することも可能です。

データ解析

リード配列をクラスタリングし、OTU（Operational Taxonomic Unit）または ASV（Amplicon Sequence Variant）を作成します。
サンプルごとに各 OTU / ASVに属するリード数を集計します。
各 OTU / ASV 配列について系統推定を行い、サンプルごとの菌種組成解析を行います。