ナノポアターゲットシーケンス
疾患関連遺伝子パネル

構造変異やメチル化も検出可能！
これまでにない「パネル解析」

5000を超える疾患関連遺伝子の全長を標的にしたロングリードターゲットシーケンスが登場しました！

ナノポア特有のターゲットシーケンス技術である Adaptive Samplingを基盤としており（Adaptive Samplingの詳細はナノポア社公式の解説ページ   をご覧ください）、SNV/Indel、構造変異、フェージング、メチル化、反復伸長変異のすべてを一網打尽に解析できる強力なアプリケーションです。

本サービスでは、DNAのお受け取りからデータ解析までを一式で実施しており、初心者のかたにも、ご経験者のかたにも、ご活用頂けるサービスとなっております。

解析事例
（3種の細胞株gDNAを用いた検証試験）

健常者由来B細胞株GM24385（HG002）、白血病由来細胞K562、乳腺癌由来細胞MCF7を用いてAdaptive Sampling (AS) による疾患関連遺伝子のターゲットシーケンスを行い、得られたデータの確認を行った結果を示します。検証試験の結果、本パネルを用いてゲノムの構造異常（転座、反復伸長変異）、メチル化状態の検出が行えることが確認されました。

シーケンス条件

ゲノムDNA各1.5μgを、gTubeを用いて10kbに断片化し、PromethIONフローセル1セルから3検体のシーケンスデータを得ました。

検証試験シーケンス結果統計情報

マッピング結果

得られたシーケンスデータをヒト リファレンスゲノム hg38にマッピングし、結果を確認したところ、Adaptive Sampling によるターゲットシーケンスによって、ターゲット領域のリードが濃縮されている様子が可視化されています（ターゲット領域外では短いリードが得られていることに注意）。

ターゲット遺伝子のdepth分布

通常、ナノポアシーケンスデータを用いた変異解析ではdepthの20以上のシーケンスデータの取得が推奨されます。疾患パネル Adaptive Sampling (AS) のシーケンスデータでは、大部分のターゲット遺伝子において、推奨depth以上のデータが得られていました。なお、腫瘍由来培養細胞であるK562(AS)とMCF7(AS)においてdepthのばらつきが大きいのは、ゲノムのコピー数異常が影響していると考えられます。

融合遺伝子検出例（BCR::ABL1融合遺伝子t(9;22)）

慢性骨髄性白血病の原因のひとつとされるBCR::ABL1融合遺伝子について、各検体のマッピング結果を確認したところ、慢性骨髄性白血病 由来 細胞K562のみで、転座を示す異常が認められました。

メチル化解析例（SNRPN遺伝子）

父性発現インプリンティング遺伝子SNRPNのプロモーター領域内CpG配列について、健常者由来B細胞HG002のメチル化パターンを確認したところ、アレル特異的にメチル化状態の違いが認められました。

反復伸長変異解析例

Oxford Nanopore Technologies社のwf-human-variationパイプラインを用いて、ショートタンデムリピート解析を行ったところ、健常者由来B細胞HG002の片方のアレルにおいて、REF1遺伝子のAAGGGリピートの異常伸長（前庭反射消失症候群(CANVAS)の原因とされる）を検出しました。

パッケージ価格

ご興味のある方は、ぜひ上記のお問い合わせフォームより弊社スタッフにご相談ください。
ご参考までに、よくあるご質問を記載致します。

ターゲット領域をカスタムすることは可能ですか？

可能ですが、パッケージ価格の提供外となります。こちらの「カスタムターゲット シーケンス」が該当しますので、お問い合わせフォームよりお声かけ下さい。

解析用のgDNAは、どのような方法で抽出すればよろしいでしょうか？

細胞種や臓器により、最適な手法は変わるかと思われますが、事前試験用に社内で抽出したgDNAに関しては、NucleoBond HMW DNA kitを使用しました。

Qubitなどの蛍光測定機器を所持しておりません。

吸光測定濃度（Nanodropなど）をベースにお送り頂くことも可能です。蛍光法に比べて、高めの濃度が出ることが多いので、余裕を見た量のgDNAをご準備頂けますと幸いです。

着目している遺伝子がターゲットに含まれているか、確認頂くことは可能でしょうか？

確認可能です。ご希望のかたは、遺伝子のSymbol名等をご連絡ください。