空間トランスクリプトーム解析
(Xenium in situ)

組織構造を崩さず、
遺伝子発現を超高解像度で可視化

Xenium空間トランスクリプトーム解析では、組織切片内の細胞の配置や位置情報を保ったまま、サブセルラー(細胞内小器官)レベルの超高解像度で特定の遺伝子の発現を可視化・定量できる解析で、がん研究や脳科学などで広く利用されています。

特長

細胞内局在の解析

細胞の中の「どこで」その遺伝子が働いているか(RNAが存在するか)をナノメートルの精度で正確に捉えることができます。

画像ベースの解析

遺伝子発現データを解剖学的な組織画像(組織形態)と直接統合し、 細胞間の相互作用を詳細にマッピングできます。

高スループット&高感度

組織構造を維持した状態で、数千種類の遺伝子発現を一度に、かつ非常に高い感度で検出可能です。

医師や病理医によるサポート

病理切片の作製・評価に熟練した病理技術者と、病理医を含む医師が技術面を支援することも可能です。

解析の流れ

プローブハイブリダイゼーション & RCA増幅

組織切片について、プローブのハイブリダイゼーションとRNAローリングサークル増幅(RCA)を行います。

蛍光反応、イメージング、デコーディング

Xenium Analyzerにより、イメージングデータを処理し、蛍光プローブを解析・デコードします。

組織染色

Hematoxylin & Eosin(H&E)染色および画像撮影を行います。

バイオインフォマティクス解析

取得したデータを基に、発現量の推定、クラスタリング、空間マッピング、および高次解析を含むデータインフォマティクス解析を行います。また、複数のクラスタリング条件を設定し推定された細胞型に基づく解析を行います。

シングルセル解析/空間トランスクリプトーム解析
シングルセル(核)RNA-seq解析
空間トランスクリプトーム解析(Visium HD)