位置情報と遺伝子発現を
同時に解き明かす
Visium空間的トランスクリプトーム解析は、病理切片組織を用いて細胞の2次元の空間的情報と共にmRNAの情報を取得することができる解析です。
組織全体の遺伝子発現プロファイルを網羅的に解析することができるため、多くの細胞解析に比べ、より高度な情報を得ることができます。
疾患の予防や病理学に貢献することが期待されています。
特長
組織のHematoxylin & Eosin（H&E）染色画像や免疫蛍光（IF）染色画像に、遺伝子発現データを重ね合わせることで、「組織のどの場所（どの細胞）で、どの遺伝子が活性化しているか」を視覚的かつ定量的に把握できます。
2×2μmの連続したバーコード付きグリッドを採用したVisium HDにより、1細胞スケールの高精細な空間的遺伝子発現データを取得可能です。
新鮮凍結組織（Fresh Frozen）だけでなく、臨床で一般的なFFPE組織にも対応しており、アーカイブされた貴重な検体の解析が可能です。
病理切片の作製・評価に熟練した病理技術者と、病理医を含む医師が技術面を支援することも可能です。
空間的な分解能で
トランスクリプトーム解析
Visiumスライドには、6.5 x 6.5mmのキャプチャーエリアが搭載されています。各キャプチャーエリアには、数百万の2 x 2μmの正方形が並んでいて、それぞれユニークなバーコード付きのオリゴヌクレオチドが連続的に配置されています。これにより空間的な分解能でのトランスクリプトーム解析を実現しています。
解析の流れ
切片作製
凍結ブロックまたはFFPEブロックからの組織切片の作製も承ります。
薄切作業に必要な設備をお持ちでない場合など、お気軽にお問い合わせください。
組織染色
免疫蛍光（IF）染色、またはHematoxylin & Eosin（H&E）染色された切片を用いた解析が可能です。
ライブラリー調製
ライブラリ作製にはCytAssistを使用します。CytAssist内で組織切片とVisiumスライドを重ねることで、遺伝子の位置情報をより正確に反映します。
シーケンシング
価格やご希望に応じてDNBSEQまたはNovaSeqを用いたシークエンスを実施しております。
シーケンサーのご希望がある場合には事前にご相談ください。
バイオインフォマティクス解析
SpaceRanger解析だけでなく、ご希望に合わせてSpaceRanger以降の高次解析を承ります。
