シングルセルから空間解析まで
—組織の「位置」と「発現」を高精度に統合
10X Chromiumを用いたシングルセル解析から、Visuim、Xeniumによる空間トランスクリプトーム解析まで幅広いプラットフォームに対応した解析サービスを提供しています。細胞ごとの詳細な遺伝子発現プロファイルと組織内の正確な位置情報を組み合わせることで、複雑な組織構造や細胞間相互作用を高精度に解明することができます。
株式会社ジーンベイでは、さらにNanoporeロングリードシークエンスを組み合わせることで、ロングリードシングルセル解析／空間解析のソリューションを提供することもできます。
特長
シングルセルデータの高い細胞解像度と、空間データの位置情報を組み合わせることで、単独では判別が難しい細胞サブタイプを正確に同定できます。
組織内でどの細胞とどの細胞が近接しているか（接触・距離情報）を基に、リアルな空間的細胞間ネットワークやシグナル伝達を推定できます。
病変部位（がんの浸潤部や境界領域など）における遺伝子発現の変化や、組織の構造的な進行軸を立体的に再現することが可能です。
Chromium／Visium／Xeniumの比較
Chromiumでは、従来のバルクRNA-seqでは解析できなかった、1細胞レベルでの網羅的な発現解析ができます。
Visiumでは、組織全体のトランスクリプトームの発現プロファイルを網羅的に解析できるのに対して、Xeniumではターゲットとする数千種類の遺伝子発現を個々の細胞または細胞内の位置情報とともに解析できます。
ロングリードシングルセル解析
／空間解析への応用
10X Genomics社のキットで調製した完全長の細胞バーコード付きcDNAを提出いただき、ビオチン標識プライマーを用いたPCR増幅を行います。ストレプトアビジンプルダウンにより、細胞バーコードが付加されていない切断型cDNA分子を除去を行ったのち、アダプターを付加し、シーケンシングを行います。
アイソフォームレベルでのシングルセル解析に対応するとともに、細胞特異的な点変異を検出できる可能性もあります。
※現在10X Genomics社のGEM-X Universal 5′ Gene Expression Kit、GEM-X Universal 3′ Gene Expression Kit、Visium Spatial Gene Expression Kitに対応しております。キットのバージョンにより対応可否が変わりますので、事前にお問い合わせください。